Flamengo zostało założone 15 listopada 1895 jako klub wioślarski przez José Agostinho Pereira da Cunha, Mário Spindola, Nestor de Barros, Augusto Lopes, José Félix da Cunha Meneses oraz Felisberto Laport. Sekcja piłkarska powstała w 1911, po tym jak niezadowoleni piłkarze Fluminense (Alberto Borghert, Othon de Figueiredo Baena, Píndaro de Carvalho Rodrigues, Emmanuel Augusto Nery, Ernesto Amarante, Armando de Almeida, Orlando Sampaio Matos, Gustavo Adolpho de Carvalho, Lawrence Andrews i Arnaldo Machado Guimarães) odeszło ze swego poprzedniego klubu. Największe sukcesy klub święcił na przełomie lat siedemdziesiątych i osiemdziesiątych. Obecnie Flamengo gra w pierwszej lidze brazylijskiej (Campeonato Brasileiro Série A) oraz w pierwszej lidze stanu Rio de Janeiro (Campeonato Carioca).

Nowy zespół zaczął treningi na plaży Russel, stopniowo zdobywając poparcie mieszkańców Rio, którzy w coraz większej ilość gromadzili się na spotkaniach Flamengo. Pierwszy oficjalny mecz Fla rozegrało 3 maja 1912, kiedy to rozgromił aż 16-2 drużynę Mangueira. W lipcu 1912 roku Flamengo pokonało swojego największego rywala Fluminense 3-2.

W 1978 roku rozpoczęły się syte lata w dziejach klubu, zaczęło się od wygrania Campeonato Carioca. Do składu przebojem wdarły się młode gwiazdy Júnior, Carpegiani, Adílio, Cláudio Adão, Tita czy wielki Zico. Z sezonu na sezon Flamengo stawało się coraz silniejsze. W 1980 roku Fla po raz pierwszy sięgnęło po Mistrzostwo Brazylii co umożliwiło im start w Copa Libertadores.

1981 to chyba rok, w którym Flamengo świetowało największe sukcesy w dziejach klubu, po wygranej nad chilijskim Cobreloa (po 3 meczach), Flamengo wygrało Copa Libertadores. następny cel był prosty wygrana w Pucharze Interkontynentalny, w Jokohamie, Flamengo upokorzyło Liverpool gładko wygrywając 3-0. Mozer, Júnior, Andrade, Adílio, Zico, Tita, Nunes oraz Lico to oni 13 grudnia 1981 roku zdobyli historyczny Puchar Interkontynentalny. Dwie bramki Nunes, jedna Adílio oraz fenomenalna gra Zico dała historyczny triumf. 

Następne dwa lata także należały do Flamengo, które wygrało Mistrzostwo Brazylii w 1982 i 1983 roku oraz Campeonato Carioca w 1981 roku. Były to ostatnie wielkie sukcesy klubu z Rio de Janeiro. Po roku 1992 wielkie Flamengo rozpoczęło lata chude. Fla kilkakrotnie było bliskie degradacji do Campeonato Brasileiro Série B oraz klub popadł w zadłużenia co groziło bankructwem. Tacy zawodnicy jak Romário, Adriano, Gilmar, czy Júlio César nie potrafili odbudować wielkiego Flamengo.